在真核生物中常有这种情况：表达程度高的基因有较短的外显子和内含子，也就是说它们的结构比较紧凑，如哺乳动物（人、鼠）、线虫（Caenorhabditis elegans）、球蒴藓（Physcomitrella patens）以及拟南芥的花粉都是如此。目前有3种假说解释这一现象：
（1）转录效率说：结构紧凑的基因转录效率高。
（2）基因设计说：高度表达的基因（主要是管家基因）所需的表观遗传调控简单，故长度较短。
（3）突变偏向说：高度表达的基因存在与转录相耦联的删减现象，故长度较短。
其中转录效率学说更受关注，而且还有两个子观点：1）“节能”说：结构紧凑的基因为转录节省能量。2）“省时”说：结构紧凑的基因为转录节省时间。关于“省时”的问题，Seoighe et al曾提出反对意见，认为多个RNA聚合酶可以同时在一个模板上转录，故合成多份mRNA拷贝比合成一份mRNA多不了多少时间。本文则试图否证“节能”说。
我们知道在动物体内不同器官大小差异巨大。假定我们分别选取一个在大器官（如肺）中特异性表达的基因和一个在小器官（如前列腺）中特异性表达的基因，而且它们在单个细胞中表达程度是接近的。如果两个基因长度也接近，那么肺需要花费更多的能量以产生多拷贝的mRNA。根据“节能”学说，前者的基因长度（主要取决于内含子长度）应比后者短些，以降低转录耗能。假如我们证明前者基因长度不比后者短，则有可能否定“节能”学说，这是本研究的理论基础。
通过比较人类149个LTS（Large tissue/organ specific）基因和96个STS（Small tissue/organ specific）基因以及小鼠的140个LTS和246个STS基因的长度和表达量的关系，我们发现在表达程度接近的情况下，LTS基因与STS基因的长度差异不显著（包括内含子平均长度、内含子总长度、CDS长度、UTR长度），只有当基因间表达程度差异较大时，大量表达的基因才比微量表达的基因显著地紧凑。也就是说：决定基因紧凑程度的是基因在单个细胞里的表达量，与器官大小（反映转录总能耗）无关，这与“节能”学说是相矛盾的。
我们还可以估测一下基因组内含子的转录能耗，这时我们要选取一个管家基因（因为它表达量大，能耗高）。假设基因中存在一个长度阈值为L的内含子（超过这个阈值将对人体不利），它在每个细胞内每2h产生30个mRNA，转录时每个核苷酸消耗2分子ATP，则每个细胞每天因为这个内含子存在而要消耗的转录能量是：
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在人类基因组中只有0.9％的内含子长度超过该阈值，可见内含子并不能带来多少转录能耗。在小鼠基因组中同样可以进行类似的计算，得到的结果是只有6.8％的内含子长度超过该阈值，内含子的存在与否影响不大。有例外情况的是酵母，按照上述方法计算约有86.5％的内含子超过阈值。这说明在单细胞真核生物中长内含子的存在有较大的能耗影响，所以这类低等真核生物内含子都比较短。
从上述分析来看，“节能”学说在哺乳动物体内似乎不适用，所以应该考虑别的假说，例如“省时”学说。Seoighe et al曾认为多个RNA聚合酶可以同时在一个模板上转录，故合成多份mRNA拷贝比合成一份mRNA多不了多少时间。假设转录进行速率是0.03s/nt，则完成一个长度为L的基因转录需要时间为0.03L；若有k个RNA聚合酶同时在一个模板上转录，产生n份mRNA拷贝需要的时间为：
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此外还有其他的假说，认为短基因被无效转录或是错误剪接的频率较低，或者长基因不适合拥挤在有限的染色质间区室（interchromatin compartment）里，或者高度表达的基因不需要过于复杂的调控（即基因设计学说）。
在单细胞生物以及拟南芥和水稻的孢子体中则存在相反的情况：表达长度高的基因内含子反而长。而且在被研究的生物中普遍存在者mRNA长度与表达量呈负相关的现象，这正好可以用“节能”学说来解释。因此我们不能完全否认“节能”选择在形成紧凑的mRNA中的作用，因为翻译也是一个相当耗能的过程。
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